Sers Felix,
das siehst du alles schon recht richtig 
Zu KNX ich kann ich leider gar nichts sagen. Enocean muss einfach nur den USB300 Chipsatz nutzen, damit homegear damit sprechen kann. Ich betreibe bei mir ohne Probleme den USB300-USB-Stick, du kannst aber genauso EnOceanPi einsetzen. Schlussendlich ist beides ja ein serielles Interface, ob jetzt über USB oder UART bleibt sich gleich.
Hier kommen wir aber genaugenommen schon zum Problem. Der Pi hat nur eine seriellen Schnittstelle am GPIO und wenn die belegt ist (EnOceanPi) kann ma z.B. kein HM-MOD-RPI-PCB oder RazBerry mehr aufstecken.
Das ist der Grund, weswegen ich für z.B. Homematic und Max ein SPI-Modul gebaut hab, da Homegear ja zum Glück das Funkmodul direkt ansprechen kann.
Gleiches gibt es als Prototyp für Zigbee. Zigbee wir demnächst auch komplett in Homegear unterstützt werden, auch wieder über verschiedene Funkmodule.
Mit USB hast momentan die meiste flexibilität. Stabiler und von der Kommunikation her besser, sind die direkt angebundenen Module.
Durch homegear-gateway kannst du dir ja quasi Acces Points für das entsprechende Protokoll bauen und diese im Haus verteilen.